生物信息技术在基因组和蛋白质组研究中的应用

综述了生物信息技术在生物学研究前沿领域,特别是基因组和蛋白质组研究方面的应用,重点展示生物信息技术在基因克隆与定位、核酸和蛋白质序列分析、空间结构预测和蛋白质功能研究方面的运用,丰富了生物技术概念的内涵并拓展了其外延。     

基因组内碱基分布整体均衡与局部不均衡的研究进展

近年来,随着各种基因组计划的相继完成,发现在各种生物体单核苷酸链水平上存在着A≌T,G≌C的数量关系,但从几千个至十几万个碱基的范围来看,A≠T,G≠C。从数学上可以证明,如果DNA双链之间碱基的突变率一致,则A≌T,G≌C成立,但很多实验表明,双链之间的突变率并不一致,因此这个问题的解决仍有赖于数理科学和生物学的进一步结合。 Abstract:With more and more genome have been completely sequenced,scientists find the Partial Rule 2(PR2) in entire single strand that A≌T,G≌C.But from the scope of thousands to hundreds of thousand bases,A≠T,G≠C.Form the view of math,if the mutational rate of one strand is equal to others,it could be proved that A≌T,G≌C,but from the view of experience,that premise doesn't exist,so the solution of the problem needs the deeply combination of biology and math.     

珠三角地区四季草坪杂草群落组成及其生态位

利用倒置"W"九点取样法,对珠三角地区5个城市32个草坪样点进行了季节动态调查.结果表明:春季草坪杂草群落结构以水蜈蚣(KyUinga brevifolia)+三点金(Desmodium triflorum)+狗牙根(Cynodon dactylon)+积雪草(Asiatic pennywort)为主;夏季以水蜈蚣+三点金+香附子(Cypems rotundus)+伞房花耳草(Hedyotis corymbosa)为主;秋季以水蜈蚣+三点金+伞房花耳草+狗牙根为主;冬季以积雪草+水蜈蚣+天胡荽(Hydrocotyle sibthorpoioides)+三点金为主.运用改进的Levins生态位宽度指数和Pianka生态位重叠指数对四季优势杂草生态位进行分析,结果表明,大部分杂草生态位宽度在0.5以下,生态位宽度达到0.50的有水蜈蚣(四季均最高),三点金(秋季)、狗牙根(春季)、酢浆草(Oxalis pes-caprae)(春季).春季优势杂草的生态位重叠指数达到0.60的最多,冬季则最少.生态位重叠指数的最大值出现在夏季,分别是天胡荽和母草(Lindernia crustacea)、白花蛇舌草(Hedyotis diffusa)和瓶尔小草(Ophioglossum vulgatum)之间,可达0.85.     

粤北天然林优势种群生态位研究

基于粤北始兴县罗坝保护区内2个2500m^2样地的群落分层频度调查数据,以不同林层作为一维资源位状态,以个体多度为生态位计测的资源状态指标,对天然常绿林群落中的12个优势树种（栲树、马尾松、茶木、枫香、罗浮柿、杨梅、鹿角栲、黄瑞木、甜锥、山杜英、牛耳枫及鸭公树）进行了生态位的计测和分析。结果表明,大部分的耐荫树种具有较大的生态位宽度值;而阳性树种（如马尾松等）同表现为较小的生态位宽度值。其中马尾松和枫香的生态位宽度值为0,与这两个种在群落演替中的衰退地位相一致,各优势树种,无论是耐荫种类抑或是阳性种类,均表现出一定程度的对现有环境适应的相似性。群落1中相似性比例在0.5以上的占54.5%;也表现出一定程度的生态位重叠,群落1中重叠值大于0.2的占51.5%。结合经典的森林群落分层频度分析,则可以更准确地判定种群在群落中的地位和更新发展潜力;另一方面,把群落分层作为资源位,考虑不同的个体多度的分层中的分布情况,这些分析结果也从一个侧面反映树种对生境的要求情况,不同的群落由于其中树种组成结构不同,使树种生态位宽度值产生变化,从而影响树种之间的生态位相似比例和生态位重叠值。     

半嵌套式PCR技术区别检测犬细小病毒疫苗株和强毒株的研究

Two pairs of PCR primers were designed according to the sequances of the vaccine strain and virulent strain of CPV. Heminested PCR method was established. Result of the first PCR amplification showed the same amplified products of 574bp length, after the second PCR amplification, the virulent strain produced the length 364bp fragment, but the vaccine strain couldn' t produce that. The products of PCR were examined by electrophoresis and restriction enzyme digestion. The result showed the length of the fragment and enzyme sites were as the same as those designed. The PCR assay of CPV was proved to be specific and sensitive. It shows that this method may be used in discriminating the vaccine strain and virulent strain of CPV or monitoring the vaccinated canine in order to aviod disease and financial losing.     

金属离子对黄柄曲霉生长和抗真菌抗生素合成的影响

不同的金属离子对兼性海洋霉菌黄柄曲霉179的生长有不同的影响。在0．002mol/L的浓度下,Hg^2 、Ag^ 和Cr^3 能强烈抑制该菌的生长,Pb^2 、Sr^2 、Co^2 、Al^3 对其生长有一定的抑制,生长量低于对照;Mn^2 、Ba^2 、Zn^2 对其生长没有明显影响;Cu^2 对该菌的生长有微弱的促进作用。菌体生物量略高于对照;不同的金属离子对曲霉179真菌抗生素179M合成有不同的影响。与对照相比,Ba^2 对共产量没有影响;Al^3 、Zn^2 、Sr^2 有一定的抑制作用,其发酵相对效价分别为对照的81．4％、55．5％和65％;0．002mol／L斩Mn^2 和Pb^2 能强烈抑制此抗生素的合成,在添加0．002mol/LMn^2 和Pb^2 的培养基中,虽然菌体生长良好,但无179M产生;Co^2 和Cu^2 则有明显的促进作用,当培养基中添加0．002ml／L的Co^2 时其发酵相对效价提高到261．4％;当培养基中添加0．003mol／L的Cu^2 时其发酵相对效价提高到350．2％。Co62 和Cu62 对发酵的促进效应是相互拮抗的。     

丛枝菌根真菌状巨孢囊霉孢子伴生细菌的绿色荧光蛋白标记及定殖分析

摘要：【目的】分析丛枝菌根（Arbuscualr Mycorrhizal, AM）真菌珠状巨孢囊霉(Gigaspora margarita) MAFF 520054孢子伴生细菌的定殖情况,明确其生态位点,以及为进一步分析其种群生态或功能提供信息。【方法】以载体pNF8（gfp-mut1）对6株珠状巨孢囊霉MAFF 520054 孢子伴生细菌进行绿色荧光蛋白（GFP）标记,并通过荧光显微镜和平板计数的方法研究标记菌株对真菌宿主的定殖位点和不同条件下的定殖数量动态。【结果】对粘状芽孢杆菌（Peanibacillus spp.）M060106-1和M061122-6、芽孢杆菌（Bacillus sp.）M061122-10和短小芽孢杆菌（Brevibacillus sp.）M061122-12成功进行了GFP标记,其均具有较好的质粒稳定性,且与出发株的基本性状一致,适合短期内进行环境定殖研究。所有菌株均能定殖珠状巨孢囊霉MAFF 520054孢子壁,而M061122-6和M061122-12还能够定殖其菌丝;不同pH值条件下,各菌株定殖珠状巨孢囊霉MAFF 520054孢子的数量动态均为先上升后下降,pH值对各菌株的定殖数量有不同的影响;各GFP菌株对低活力的珠状巨孢囊霉孢子定殖数量高于高活力的孢子,且对高活力孢子的定殖数量动态不同。【结论】分离的珠状巨孢囊霉孢子伴生细菌能够重新定殖其孢子,菌株的定殖能力受其特性及外界因子的影响,为进一步分析AM真菌伴生细菌的种群生态及功能提供了信息。     

外切体研究进展

外切体是酿酒酵母中鉴定的一个保守复合体,具有3′外切核酸酶的活性.10个核心亚基,除Csl4p/Ski4p外,在体外都具有3′外切核酸酶的活性.外切体在多种RNA的代谢中起重要作用.外切体普遍存在于真核生物中,并与真核基因的表达调控密切相关.     

培养基对海洋青霉菌抗真菌活性物质的影响

研究了培养基的配方、培养条件和培养时间对海洋青霉M－182菌株产生抗真菌活性物质（M－182A）的影响,以期获得高效价的M－182A。结果表明：用海水配制经改良的高氏1号培养基（高氏1号＋0.1%蛋白胨＋2％海带汁）,28℃培养96－108h,M－182A的相对效价最高。     

植物分子生态学进展(Ⅰ)——遗传结构和杂交(英)

从物种遗传结构和杂交的角度介绍了当前植物分子生态学研究的新进展。对于物种遗传结构,文章分析了物种生物学特性、生态因子对它的影响,强调了种群不同世代遗传结构研究的重要性。而在杂交研究领域,文章揭示了分子生物学手段有着比传统形态分析方法更多的优越性。